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叶向高说：“这事没有办法预料。”孙承宗请求亲自前往裁决，皇帝十分高兴，加封他为太子太保，赐给他蟒玉、银币。孙承宗抵达山海关，责问王在晋说：“新城建成后，就调旧城四万人去防守吗？”王在晋说：“不，应当另外增加兵力。”孙承宗说：“照这样的话，那么八里的范围内就有八万防守部队了。一片石的西北方不应当布置部队吗？况且在八里之内构筑工事，新城的后背就是旧城的脚底下。旧城周围按品守阵埋下的地雷是为敌人布置的呢，还是为新城兵布置的呢？新城能够守得住，还要旧城干什么？如果守不住，那么四万新兵逃奔旧城之下，是准备开关迎接他们进城呢，抑或是闭关把他们交给敌人呢？”王在晋回答说：“关外还有三道关口可以让他们进入。”孙承宗说：“如果这样的话，那么敌人来了而我军照样逃跑，还要旧关干什么？”王在晋说：“准备在山上建三座兵营，用来收容逃亡下来的士兵。”孙承宗说：“士兵还没有败逃却建兵营等着他们，这是教他们逃跑。况且逃亡部队可以进入，敌人尾随追击也可以进入。现在不为收复失地打算，却划地为牢困守，将来关隘一旦丧失，敌人每天骚扰京畿内地，京城以东能有一天安宁的日子吗？”王在晋无言以对。孙承宗于是主张防守关外。监军阎鸣泰负责觉华岛，袁崇焕负责宁远卫。王在晋不同意。主张防守中前所。原监司邢慎言、张应吾从前线逃跑，此时正在山海关，都附和他。
当初，王化贞等人逃跑后，从宁远以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占领，宣称帮助政府军保卫边防。前哨游击左辅名义上驻扎中前所，实际上没有离开八里铺。孙承宗知道哈喇镇各部不足以信任，而宁远卫、觉华岛是可以守得住的，于是决定把自己的意见告诉王在晋，跟他推心置腹地谈了七天七夜，最终得不到他的响应。回到朝廷，孙承宗说：“敌人尚未抵达镇武而我军自己焚烧了宁远卫、中前所，这是前日经略、巡抚的罪责；我军放弃了宁远卫、中前所，敌人最终没有到来，而我军不敢出山海关一步，这是今日守城将官的罪责。将官躲进关内，没有能力回转他们畏惧敌人的心理来畏惧国法，将他们谋取私利的智慧转化为谋求杀敌的智谋，这是我和经略大臣的罪责，与其拿百万两银子浪费到毫无用处的筑城上，不如加固宁远的要害地带来防守敌人。八里铺的四万人挡住宁远的冲要，与觉华岛互为掎角之势。敌人窥探城门，命令觉华岛上的士兵从三岔出击。摧毁浮桥，绕到敌后打击敌人。不但可以保证边防安全，而且还可以收复二百里失地。总而言之，敌人的军营一定不能让他们靠近山海关，杏山的难民一定不能丢下不管，不全部破除庸人的议论，辽东战局就不可能有作为。”其他有关军事建置的上疏又有十多道。皇帝都高兴地接受了。不久，侍奉皇帝讲席，孙承宗面告王在晋不能任用，于是把他改派为南京吏部尚书，并且斥责逃跑的臣子邢慎言等人，而八里铺修筑新城的议论也就停息了。
王在晋离职后，孙承宗自告奋勇地请求去统帅部队，皇上下诏通知各边防，让孙承宗以原官职统领山海关和蓟、辽、天津、登、莱各地的军事事务，相机行事，不受朝中节制。而任用阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗于是征召职方主事鹿继善、王则古为军中的赞画官，从国库请款八十万两出发。皇帝特意为他送行，赐给他尚方宝剑和坐蟒，内阁大臣一直把他送到崇文门外。到达山海关后，孙承宗命令总兵江应诏制定规章制度，佥事袁崇焕建造兵营房舍，旧将李秉诚操练火器，赞画鹿继善、王则古治理军备，沈翭、杜应芳修理兵器，司务孙元化兴筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程伦主持购买马匹，广宁道佥事万有孚主持采购木材。而派游击祖大寿在觉华岛辅助金冠，副将孙谏在前屯帮助赵率教，游击鲁之甲拯救难民，副将李承先操练骑兵，参将杨应乾招募辽人当兵。
这个时候，山海关的士兵名义有七万人，但是没有纪律，冒领军饷的很多。孙承宗大规模清查，淘汰逃将几百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一万多人，将鲁之甲拯救的七千名难民派往前屯当兵。杨应乾召募的辽兵派出去戍守宁远，和朝鲜商议派兵声援。在东江犒劳毛文龙，命令他收复四卫。发布檄文让登州统帅沈有容前往占领广鹿岛。想以春防的名义亲自前往登、莱商量进军收复失地，而朝中的意思是先用兵辽东，所以不允许。江应诏被弹劾，孙承宗请求任用马世龙代替他，以尤世禄、王世钦为南、北统帅，听从马世龙的指挥，还为马世龙请求尚方宝剑，皇帝都同意了。马世龙接受任命后，孙承宗为他筑台，恭敬地实行授权礼仪。赵率教已在前屯驻守，将哈喇慎各部全部赶走，办公的大本营还在八里铺。王象乾建议设立水关，在关内镇守，孙承宗不同意，于是将大本营定在高台堡。
这时，大清兵放弃广宁离去，辽东的流民进城居住。插汉的部队把这消息报告了万有孚，万有孚计划挟持西部人乘机歼灭他们，假充收复失地的功劳。孙承宗发布檄文说：“西部杀死我军的，按照盟约所说的讨伐他。”这一仗，保全活口一千多人。皇帝喜好考察边防情况，这时命令东厂派人到宫门前，报告这事情的全部情况，称为“澄清事实”等到魏忠贤专权，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人携带内库的神炮、甲仗、弓箭之类武器数万件到达山海关前，资助军队使用，又拿出白金十万两，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种图案的钱币赏赐给官兵，赐给孙承宗蟒服、白金慰劳他，实际上是来侦察军队的情况。孙承宗正好出关巡视宁远，半路上听说了，立即上疏说：“宦官观察部队，自古以来都是被戒除的。”皇帝下旨答复他。使者到来后，聊具一杯清茶而已。
阎鸣泰出任巡抚，是孙承宗举荐的，后来知道他没有实际才干，有关军事事情经常不跟他商量。阎鸣泰很不高兴，请求辞职，孙承宗也称病。言官们都挽留孙承宗，诋毁阎鸣泰，巡关御史潘云翼再上疏弹劾他，皇帝于是罢免阎鸣泰，而用张凤翼代替他。张凤翼胆小，又主张防守山海关。孙承宗不高兴，于是再次出关巡视。抵达宁远，召集将官讨论防守情况，很多人都赞同张凤翼的意见，唯独只有马世龙请求守卫中后所，而袁崇焕、鹿继善及副将茅元仪极力请求防守宁远，孙承宗认为应该如此，意见才确定下来。命令祖大寿兴修工事，袁崇焕、满桂防守。在这之前，虎部偷偷跑出来抢劫，赵率教逮捕杀死四人。王象乾想杀赵率教报答虎部，孙承宗不同意。而孙承宗派遣的王楹驻守中右，保护士兵外出采集木材，被西部朗素杀害了。孙承宗愤怒了，派马世龙去围剿。王象乾担心破坏安抚的局面，命令朗素捆绑逃亡的平民充当杀死王楹的人献出来，又增加赏金一千两。孙承宗正准备上疏争论，而王象乾因为父母的丧礼离职了。
孙承宗担心掌管钱款的人阻挠自己的权力，说督师、总督可以不兼设，请求罢免自己，如果不行，就不推举总督。并且请求把辽东巡抚移到宁远驻扎。皇帝命令停止总督推荐。而张凤翼认为是把自己放到死亡地带，因而十分怀恨孙承宗。跟他的同乡潘云翼、万有孚等人极力诽谤马世龙，来动摇孙承宗。不久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，更加怀疑是袁崇焕和马世龙设下的陷阱。于是一起造谣，阻挠出关的计划。给事中解学龙于是极力议论马世龙的罪行。孙承宗很气愤，上疏陈述防守御敌的对策，说：“在国门之内抵抗敌人，跟在国门之外抵抗敌人，情况是有区别的。我军将敌人赶到二百里之外，跟敌人赶我军到二百里之内，情况又是有区别的。广宁，离我军远而距敌人近，宁远，离我军近而距敌人远。我军不向前进逼敌人，敌人将会向前逼迫我军。现在既然不能收复辽东，而宁远、觉华岛终不能够放弃。请求皇帝下诏让朝臣讨论以下问题：军队是否能够长期驻守，粮饷是否能够长期输送，关外的土地人民是否可以抛弃，筑城屯田战争防守是否可以建立，再考察敌人的情况是否果真不出击坐守等待就能够消灭，我不敢做百年大计的长远考虑，只考虑到五年之内究竟会出现什么情况。倘若我的话不恰当，立即罢免卑职以确定国家大计，不要老是犹豫不决，让那些贪生怕死、保全自己家人的臣子附合众人之口，用杀死我一人来耽误了国家大事。”又为马世龙辩解，揭发万有孚等人相互勾结的情形。
万有孚，是原侍郎万世德的儿子，担任广宁理饷同知。广宁失陷后逃回家，王象乾命名为广宁道佥事，专门安抚插汉，大量侵吞财物。到这时因为孙承宗的言论被罢免。张凤翼也因为父母的丧事回家，喻安性代替他。而朝臣认为总督不能裁并，命令吴用先总督蓟、辽，代替王象乾。孙承宗讨厌本兵赵彦多从朝中制约，称病请求辞职，推举赵彦代替他让赵彦下不了台，朝廷认为不可以。
这时宁远城工程竣工，关外一切防守工作都已齐备。孙承宗图谋大的军事行动，上奏说：“先头部队已抵达连山、大凌河，尽快给我二十四万两军饷，就可以立即取得军事胜利。”皇帝命令有关部门满足他的要求。兵部和工部相互商量说：“军饷给足了，他就可以胡作非为，不如答应他但不给他，文件来回往来就把这事拖延迟缓了。”孙承宗再次上疏催促，把实情报告给皇帝，皇帝为此整顿各部官员，而部队最终还是没有出发。
当初，方震孺、游士任、李达、明时举被贬谪，孙承宗确实弹劾过他们，后都为他们请求宽恕，又称赞杨镐、熊廷弼、王化贞的功劳，请求皇帝免除他们的死刑，把他们发配充边，举朝哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中纷纷上疏辩论驳斥，皇帝都置之不理。正好孙承宗叙论五防的功劳，各臣将要称病乞求罢官，于是派遣宦官刘应坤等人携带十万两国库银犒赏官兵，而赐给孙承宗坐蟒、膝。。，另佐以金币。
这个时候，魏忠贤更加擅权，因为孙承宗功劳高，想拉拢他，叫刘应坤等人表明自己的意图。孙承宗不跟他说一句话，魏忠贤因此极恨他。正好魏忠贤驱逐杨涟、赵南星、高攀龙等人，孙承宗刚巡视蓟镇、昌平，想到上疏皇帝未必亲自过目，过去在讲席时，每次当面上奏都有效果，孙承宗于是请求以祝贺皇帝寿辰为由，进入朝廷当面向皇帝报告机务事宜，想利用这个机会陈述魏忠贤的罪行。魏广微听到这消息，飞快报告魏忠贤：“孙承宗拥兵数万人将要清除皇帝身边的人。兵部侍郎李邦华作为内应，您立刻就有粉身碎骨的危险了。”魏忠贤非常害怕，围绕着皇帝的床哭，皇帝被感动了，命令内阁草拟圣旨，次辅顾秉谦举笔写道：“没有皇帝的圣旨离开驻防之地，不是祖宗的法令，违抗的人绝不宽恕。”连夜打开禁宫大门召见兵部尚书，下三道命令派快骑兵制止他。又假传圣旨告示防守九门的宦官，孙承宗如果到齐化门，将他捆绑送入。孙承宗到达通州，听到命令就返回了。魏忠贤派人侦察，发现车子中放着一床用包裹包着的被子，后面只有鹿继善一辆车子而已，这才稍微减少了怀疑。而魏忠贤的党徒李蕃、崔呈秀、徐大化接连上疏诋毁孙承宗，竟把他比作王敦、李怀光。孙承宗于是闭门谢客，请求辞职。
天启五年(1625)四月，给事中郭兴治请求朝廷讨论孙承宗的去留，议论冒领军饷的又接踵而至，于是交给朝臣讨论。吏部尚书崔景荣坚持留用他，于是下诏挽留勉励，而以精简将官、淘汰士兵、清理粮饷三件事责令孙承宗的汇报，孙承宗正在派遣各将分别驻守锦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地区，开拓土地又有二百里，罢免大将王世钦、尤世禄，副将李秉诚、孙谏，裁军一万七千多人，节省开支六十八万两。而言官仍在不停地议论马世龙。到了九月，才有柳河战役的失败，死亡四百多人，详情参见马世龙传。于是台省弹劾马世龙，并提到孙承宗。送上的有数十道奏疏。孙承宗请求辞职更加坚决，十月才得到批准。先前已多次加封为左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士，于是又特别加封光禄大夫，荫庇他的儿子为中书舍人，赐给他蟒服、银币，在行人的保护下回家。而用兵部尚书高第代替他做经略。不久，喻安性也被罢免，于是废除巡抚不再设立。
当初，高第极力压制孙承宗，请求撤除关外兵来防守关内。孙承宗反驳他，高第很不满意。第二年，宁远被包围，于是上疏说山海关关门只有五万士兵，谈论这事的人更加以为是孙承宗的罪过。孙承宗向户部报告说：“高第刚到山海关时，曾发给十一万七千人的粮饷，现在只发给五万人粮饷就足够了。”高第果真因为说话荒谬而被定罪。后来魏忠贤派他的党羽梁梦环巡视山海关，想罗织孙承宗的罪名，没有得到什么就停止了。孙承宗在山海关四年，前后修复九座大城、四十五个城堡、练兵十一万，建立战车营十一个、水兵营五个、大炮营二个、前锋后劲营八个，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、卤盾等器械一共有数百万之多，开拓土地四百里，开辟屯田五千顷，每年收入十五万两银子。后追叙宁远战役的功绩，荫封儿子锦衣世袭千户。
庄烈帝即位，王在晋进入朝廷担任兵部尚书，对孙承宗痛恨不已，坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢机构，败坏了边关事，又唆使谏官等交口诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。崇祯二年(1629)十月，大清兵进入大安口，攻取遵化，将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵部尚书防守通州，仍旧进入朝廷朝见皇帝。孙承宗到任，皇帝在平台召见他。慰劳完毕后，皇帝问他方法谋略。孙承宗报告说：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是很正确的。又听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，似乎不大好。”皇帝问道：“爱卿想防守三河，是什么意图？”孙承宗回答说：“守住三河可以阻止敌人向西逃跑，遏止敌人南下。”皇帝认为很好，说：“你打算怎样为朕保卫京师？”孙承宗说：“当此危难之际，守城的人苦于饥饿和寒冷，不是万全之策，请求皇上整顿守城器械，加倍犒劳士兵，以安定人心。”他所出的计谋都很合皇帝的心意。皇帝说：“爱卿不必前往通州，就为朕总督京城内外的军事事务，仍旧参与军事策划。”催促首辅韩火广草拟诏书下发给有关部门铸造边防器具。孙承宗出来时，记时的漏刻已经二十下了，立即检阅环卫都城部队，五更时才结束，又出都城检阅外城。第二天半夜，忽然传旨孙承宗防守通州。这时战争的烽火已传遍京师近郊，孙承宗率二十七名骑兵从东便门出发，中途逃亡了三人，快马加鞭直抵通州，守城门的人几乎不让他们进城。进城之后，跟保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋一起登上城墙加强防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游击尤岱率步骑三千人前往增援。片刻之后又派副将刘国柱统帅二千士兵与尤岱汇合，而派遣密云兵三千人驻守东直门，保定兵五千人驻守广宁门。这期间派遣将领收复马兰、三屯二座城邑。
到十二月四日，就发生了祖大寿的兵变，祖大寿是辽东的前锋总兵官，跟袁崇焕一起进入卫所。看到袁崇焕下狱，害怕受到惩罚，于是跟副将何可纲等人率领所属的一万五千人向东逃散，远近的人都受到很大的震动。孙承宗听说，急忙派遣都司贾登科携带秘书的亲笔信去劝慰祖大寿，而命令游击石柱国飞马前往安抚各军。祖大寿看见贾登科，说：“我部士兵赶往前线支援，接连打胜仗，希望得到丰厚的奖赏。城上的人都骂我们是强盗，投掷石块打死了几个人。派遣出去巡逻的士兵，被指责是间谍而把他们杀死了。立下了功劳却被当作罪过，所以要逃跑回来。我部应当直捣朵颜，然后回来负荆请罪，等候处罚。”石柱国追上各路部队，将士们手持弓箭、大刀对着他，都流着眼泪说：“督师已被杀死，又将用大炮轰击我军，所以到了这里。”石柱国还往前追，祖大寿已经很远，于是返回。孙承宗报告说：“祖大寿的处境已经非常危险，他又不肯接受满桂的指挥，于是造谣激发众人东逃，并不是他的部下都想叛乱。应当免除杀戮，想方设法安抚人心。辽东将领很多是马世龙的老部下，臣小心地见机行事，派遣马世龙快马前往通告，他的将士一定自动归顺，祖大寿不值得担心。”皇帝高兴地听从了。孙承宗写密信告诉祖大寿应立即上奏章陈述错误，并且率领部队立功赎罪，而自己理当代他向皇帝表白。祖大寿同意了，一条一条地陈述东逃的原因，全都如同将士们所说的，皇帝很宽厚地答复了他。命令孙承宗迁到关门驻守。各将听到孙承宗、马世龙来了，很多人都自动前来归附，祖大寿的妻子左氏也用大道理谴责她的丈夫。祖大寿集合士兵等候命令。
当逃散的士兵出关时，关城遭到抢劫掠夺，关门罢市，人心惶惶。孙承宗到达后，人心才安定下来。关城原有十六里，卫城只有二里。现在敌人在关城内，关城不能够防守，卫城与关城相连，可以步行上去。于是另外修筑城墙，挡在关城之间，在城墙上开挖洞口使大炮能够平伸出去。城内的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原来淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千余人，无所事事就想惹是生非，都由官府供给粮食，让他们巡察街道，看守炮台，保护仓库，都有事情可做。里面的不能出去，外来人往往被巡逻的骑兵抓获，因此关门能够得以保全。于是派遣马世龙率步骑兵一万五千入关增援，命令游击祖可法等率骑兵四营往西驻守抚宁。崇祯三年(1630)正月，祖大寿入关拜见孙承宗，孙承宗亲率五百人穿着铠甲在大门迎接。孙承宗以诚相待，当天在教场上排列步骑兵三万人，举行誓师的礼仪，大家的疑虑一下子都消解了。
这时我大清兵已攻占了遵化，并派兵驻守它。这月四日攻占永平，八日攻占迁安，于是攻取滦州。分兵攻击抚宁，祖可法等人坚守，没有攻下。大清兵于是向山海关进军，离关三十里安营扎寨。副将官惟贤等人极力请求作战。于是回过头攻击抚宁和昌黎，都没有攻下。正在这时，通往京师的道路受阻，孙承宗、祖大寿的军队在东边，马世龙及四方援军在西边。孙承宗召募不怕死的人沿海抵达京师，才知道山海关城还在手中。山海关西南有三县，即抚宁、昌黎、乐亭；西北有三城：即石门、台头、燕河。这六座城池东边保护关门，西边环绕永平，都是近山海关的军事要地。孙承宗告诫各城严加防守，又派遣将领驻守开平，收复建昌，声援部队始相连接。
京师正在戒严，全国各地保卫京师的部队先后到来的有二十万。都驻扎在蓟门及京师周围，没有人首先前进。下诏降旨多次督察催促，各将也时有攻击，但没有人能打败敌人收复失地。马世龙请求先收复遵化，孙承宗说：“不行，遵化在北面，容易攻取而难于防守，不如暂且让敌人占领，分散敌人的兵力，我军应先进攻滦州。现在应当多造出声势，暗示将要攻击遵化的形势来牵制敌人，各军开赴丰润、开平，联络山海关的部队攻击滦州。占领了滦州就用开平部队防守，而用骑兵决战以攻占永平。占领了滦州、永平之后，山海关与永平就连成一体，再攻取遵化就容易多了。”方案确定后，于是命令东西各兵营一同前进，孙承宗亲自到抚宁督战。五月十日，祖大寿及张春、丘禾嘉各军先抵滦州城下，马世龙及龙世禄、吴自勉、杨麒、王承恩随后到达，过了二天攻克了滦州。而副将王维城等人也进入迁安。我大清防守永平的部队，全部撤出回到北边，孙承宗于是进入永平。十六日，各将谢尚政等人也进入遵化。四座城市都收复了。皇帝为此在郊庙里告谢，并大加赏赐，加封孙承宗为太傅，赐给蟒服、白金，世代继承锦衣卫指挥佥事。孙承宗极力推辞不接受太傅的封号，并多次上疏称病乞求退休，皇上下诏安慰他。不同意他的请求。
朵颜束不的反叛，孙承宗命令大将王威打败了他，又赏赐给他银币。早先因为册立东宫太子，加封为太保。等到神宗实录完成，也加官如上述。孙承宗推辞不受，并不停地乞求退休。皇帝命令阁臣讨论他的去留，没有结论。特地派遣中书携带亲笔诏去慰问，于是到任管事。崇祯四年(1631)正月出关东巡，抵达松山、锦州，回到山海关，又西巡，全部检阅了三协十二路然后返回。逐条上书陈述东西边防事务八件事，皇帝都采纳了。五月因为考核期满，下诏加封太傅兼领尚书的俸禄，荫封尚宝司丞，赐给蟒服、银币、羊酒，孙承宗再次推辞不接受太傅。
当初，右屯、大凌河二城池，孙承宗已派兵驻守，后来高第来代替他，都撤走了部队，二城池于是被平毁。到这时，丘禾嘉巡抚辽东，建议收复广宁、义州、右屯三城。孙承宗说广宁路途遥远，应当先占据右屯，在大凌河筑城，逐渐向前推进。兵部尚书梁廷栋支持他，于是在七月动工。工程刚完成，我大清兵大部队到来，将城重重包围。孙承宗听到后，快马赶到锦州，派遣吴襄、宋伟前往救援。丘禾嘉多次改动出兵的日期，宋伟跟吴襄的关系又不和睦，于是在长山被打得大败。到了十月，城中粮食吃完了而援军又毫无希望，守将祖大寿力量用尽出城投降，城池又一次被平毁。廷臣追究修筑城池不是好计谋，纷纷上疏议论丘禾嘉和孙承宗。孙承宗又接连上疏称病。十一月皇帝批准他的请求，赐给他银币乘驿车回家，议论他的人追论他丧师辱国，剥夺他的官职在家闲居，并且剥夺他在宁远时世代的荫封。孙承宗又上书陈述边防计策的十六件事，而极力说丘禾嘉军事谋略自相矛盾的过失。皇帝知道而已。在家居住七年，朝廷内外多次请求征召任用他，没有批复。
崇祯十一年(1638)，我大清兵深入内地。在十一月九日进攻高阳，孙承宗率领家族人抵抗。大清兵将要离开，围绕着城墙大声叫喊了三次，守城的人也回答了三次。说：“这是守城的人在嘲笑，按照法令应当攻破它。”又一次包围了高阳城。第二天攻陷，孙承宗被捉。望着朝廷叩头后，上吊自杀，终年七十六岁。
他的儿子举人孙翶，尚宝丞孙钥，官生孙铈，生员孙钅含、孙镐，侄子谏，以及孙子孙之沆、孙之滂、孙之氵景、孙之洁、孙之氵宪，侄孙孙之澈、孙之氵美、孙之泳、孙之泽、孙之涣、孙之瀚，全都战死了。督师宦官高起潜报告了这事。皇帝叹息再三并追悼他，命令有关部门从优照顾。掌权的杨嗣昌、薛国观等人暗中压制，只是恢复了他的原官职，给予祭奠下葬而已，福王时，才追赠为太师，谥号文忠。
叶向高说：“这事没有办法预料。”孙承宗请求亲自前往裁决，皇帝十分高兴，加封他为太子太保，赐给他蟒玉、银币。孙承宗抵达山海关，责问王在晋说：“新城建成后，就调旧城四万人去防守吗？”王在晋说：“不，应当另外增加兵力。”孙承宗说：“照这样的话，那么八里的范围内就有八万防守部队了。一片石的西北方不应当布置部队吗？况且在八里之内构筑工事，新城的后背就是旧城的脚底下。旧城周围按品守阵埋下的地雷是为敌人布置的呢，还是为新城兵布置的呢？新城能够守得住，还要旧城干什么？如果守不住，那么四万新兵逃奔旧城之下，是准备开关迎接他们进城呢，抑或是闭关把他们交给敌人呢？”王在晋回答说：“关外还有三道关口可以让他们进入。”孙承宗说：“如果这样的话，那么敌人来了而我军照样逃跑，还要旧关干什么？”王在晋说：“准备在山上建三座兵营，用来收容逃亡下来的士兵。”孙承宗说：“士兵还没有败逃却建兵营等着他们，这是教他们逃跑。况且逃亡部队可以进入，敌人尾随追击也可以进入。现在不为收复失地打算，却划地为牢困守，将来关隘一旦丧失，敌人每天骚扰京畿内地，京城以东能有一天安宁的日子吗？”王在晋无言以对。孙承宗于是主张防守关外。监军阎鸣泰负责觉华岛，袁崇焕负责宁远卫。王在晋不同意。主张防守中前所。原监司邢慎言、张应吾从前线逃跑，此时正在山海关，都附和他。
当初，王化贞等人逃跑后，从宁远以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占领，宣称帮助政府军保卫边防。前哨游击左辅名义上驻扎中前所，实际上没有离开八里铺。孙承宗知道哈喇镇各部不足以信任，而宁远卫、觉华岛是可以守得住的，于是决定把自己的意见告诉王在晋，跟他推心置腹地谈了七天七夜，最终得不到他的响应。回到朝廷，孙承宗说：“敌人尚未抵达镇武而我军自己焚烧了宁远卫、中前所，这是前日经略、巡抚的罪责；我军放弃了宁远卫、中前所，敌人最终没有到来，而我军不敢出山海关一步，这是今日守城将官的罪责。将官躲进关内，没有能力回转他们畏惧敌人的心理来畏惧国法，将他们谋取私利的智慧转化为谋求杀敌的智谋，这是我和经略大臣的罪责，与其拿百万两银子浪费到毫无用处的筑城上，不如加固宁远的要害地带来防守敌人。八里铺的四万人挡住宁远的冲要，与觉华岛互为掎角之势。敌人窥探城门，命令觉华岛上的士兵从三岔出击。摧毁浮桥，绕到敌后打击敌人。不但可以保证边防安全，而且还可以收复二百里失地。总而言之，敌人的军营一定不能让他们靠近山海关，杏山的难民一定不能丢下不管，不全部破除庸人的议论，辽东战局就不可能有作为。”其他有关军事建置的上疏又有十多道。皇帝都高兴地接受了。不久，侍奉皇帝讲席，孙承宗面告王在晋不能任用，于是把他改派为南京吏部尚书，并且斥责逃跑的臣子邢慎言等人，而八里铺修筑新城的议论也就停息了。
王在晋离职后，孙承宗自告奋勇地请求去统帅部队，皇上下诏通知各边防，让孙承宗以原官职统领山海关和蓟、辽、天津、登、莱各地的军事事务，相机行事，不受朝中节制。而任用阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗于是征召职方主事鹿继善、王则古为军中的赞画官，从国库请款八十万两出发。皇帝特意为他送行，赐给他尚方宝剑和坐蟒，内阁大臣一直把他送到崇文门外。到达山海关后，孙承宗命令总兵江应诏制定规章制度，佥事袁崇焕建造兵营房舍，旧将李秉诚操练火器，赞画鹿继善、王则古治理军备，沈翭、杜应芳修理兵器，司务孙元化兴筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程伦主持购买马匹，广宁道佥事万有孚主持采购木材。而派游击祖大寿在觉华岛辅助金冠，副将孙谏在前屯帮助赵率教，游击鲁之甲拯救难民，副将李承先操练骑兵，参将杨应乾招募辽人当兵。
这个时候，山海关的士兵名义有七万人，但是没有纪律，冒领军饷的很多。孙承宗大规模清查，淘汰逃将几百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一万多人，将鲁之甲拯救的七千名难民派往前屯当兵。杨应乾召募的辽兵派出去戍守宁远，和朝鲜商议派兵声援。在东江犒劳毛文龙，命令他收复四卫。发布檄文让登州统帅沈有容前往占领广鹿岛。想以春防的名义亲自前往登、莱商量进军收复失地，而朝中的意思是先用兵辽东，所以不允许。江应诏被弹劾，孙承宗请求任用马世龙代替他，以尤世禄、王世钦为南、北统帅，听从马世龙的指挥，还为马世龙请求尚方宝剑，皇帝都同意了。马世龙接受任命后，孙承宗为他筑台，恭敬地实行授权礼仪。赵率教已在前屯驻守，将哈喇慎各部全部赶走，办公的大本营还在八里铺。王象乾建议设立水关，在关内镇守，孙承宗不同意，于是将大本营定在高台堡。
这时，大清兵放弃广宁离去，辽东的流民进城居住。插汉的部队把这消息报告了万有孚，万有孚计划挟持西部人乘机歼灭他们，假充收复失地的功劳。孙承宗发布檄文说：“西部杀死我军的，按照盟约所说的讨伐他。”这一仗，保全活口一千多人。皇帝喜好考察边防情况，这时命令东厂派人到宫门前，报告这事情的全部情况，称为“澄清事实”等到魏忠贤专权，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人携带内库的神炮、甲仗、弓箭之类武器数万件到达山海关前，资助军队使用，又拿出白金十万两，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种图案的钱币赏赐给官兵，赐给孙承宗蟒服、白金慰劳他，实际上是来侦察军队的情况。孙承宗正好出关巡视宁远，半路上听说了，立即上疏说：“宦官观察部队，自古以来都是被戒除的。”皇帝下旨答复他。使者到来后，聊具一杯清茶而已。
阎鸣泰出任巡抚，是孙承宗举荐的，后来知道他没有实际才干，有关军事事情经常不跟他商量。阎鸣泰很不高兴，请求辞职，孙承宗也称病。言官们都挽留孙承宗，诋毁阎鸣泰，巡关御史潘云翼再上疏弹劾他，皇帝于是罢免阎鸣泰，而用张凤翼代替他。张凤翼胆小，又主张防守山海关。孙承宗不高兴，于是再次出关巡视。抵达宁远，召集将官讨论防守情况，很多人都赞同张凤翼的意见，唯独只有马世龙请求守卫中后所，而袁崇焕、鹿继善及副将茅元仪极力请求防守宁远，孙承宗认为应该如此，意见才确定下来。命令祖大寿兴修工事，袁崇焕、满桂防守。在这之前，虎部偷偷跑出来抢劫，赵率教逮捕杀死四人。王象乾想杀赵率教报答虎部，孙承宗不同意。而孙承宗派遣的王楹驻守中右，保护士兵外出采集木材，被西部朗素杀害了。孙承宗愤怒了，派马世龙去围剿。王象乾担心破坏安抚的局面，命令朗素捆绑逃亡的平民充当杀死王楹的人献出来，又增加赏金一千两。孙承宗正准备上疏争论，而王象乾因为父母的丧礼离职了。
孙承宗担心掌管钱款的人阻挠自己的权力，说督师、总督可以不兼设，请求罢免自己，如果不行，就不推举总督。并且请求把辽东巡抚移到宁远驻扎。皇帝命令停止总督推荐。而张凤翼认为是把自己放到死亡地带，因而十分怀恨孙承宗。跟他的同乡潘云翼、万有孚等人极力诽谤马世龙，来动摇孙承宗。不久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，更加怀疑是袁崇焕和马世龙设下的陷阱。于是一起造谣，阻挠出关的计划。给事中解学龙于是极力议论马世龙的罪行。孙承宗很气愤，上疏陈述防守御敌的对策，说：“在国门之内抵抗敌人，跟在国门之外抵抗敌人，情况是有区别的。我军将敌人赶到二百里之外，跟敌人赶我军到二百里之内，情况又是有区别的。广宁，离我军远而距敌人近，宁远，离我军近而距敌人远。我军不向前进逼敌人，敌人将会向前逼迫我军。现在既然不能收复辽东，而宁远、觉华岛终不能够放弃。请求皇帝下诏让朝臣讨论以下问题：军队是否能够长期驻守，粮饷是否能够长期输送，关外的土地人民是否可以抛弃，筑城屯田战争防守是否可以建立，再考察敌人的情况是否果真不出击坐守等待就能够消灭，我不敢做百年大计的长远考虑，只考虑到五年之内究竟会出现什么情况。倘若我的话不恰当，立即罢免卑职以确定国家大计，不要老是犹豫不决，让那些贪生怕死、保全自己家人的臣子附合众人之口，用杀死我一人来耽误了国家大事。”又为马世龙辩解，揭发万有孚等人相互勾结的情形。
万有孚，是原侍郎万世德的儿子，担任广宁理饷同知。广宁失陷后逃回家，王象乾命名为广宁道佥事，专门安抚插汉，大量侵吞财物。到这时因为孙承宗的言论被罢免。张凤翼也因为父母的丧事回家，喻安性代替他。而朝臣认为总督不能裁并，命令吴用先总督蓟、辽，代替王象乾。孙承宗讨厌本兵赵彦多从朝中制约，称病请求辞职，推举赵彦代替他让赵彦下不了台，朝廷认为不可以。
这时宁远城工程竣工，关外一切防守工作都已齐备。孙承宗图谋大的军事行动，上奏说：“先头部队已抵达连山、大凌河，尽快给我二十四万两军饷，就可以立即取得军事胜利。”皇帝命令有关部门满足他的要求。兵部和工部相互商量说：“军饷给足了，他就可以胡作非为，不如答应他但不给他，文件来回往来就把这事拖延迟缓了。”孙承宗再次上疏催促，把实情报告给皇帝，皇帝为此整顿各部官员，而部队最终还是没有出发。
当初，方震孺、游士任、李达、明时举被贬谪，孙承宗确实弹劾过他们，后都为他们请求宽恕，又称赞杨镐、熊廷弼、王化贞的功劳，请求皇帝免除他们的死刑，把他们发配充边，举朝哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中纷纷上疏辩论驳斥，皇帝都置之不理。正好孙承宗叙论五防的功劳，各臣将要称病乞求罢官，于是派遣宦官刘应坤等人携带十万两国库银犒赏官兵，而赐给孙承宗坐蟒、膝。。，另佐以金币。
这个时候，魏忠贤更加擅权，因为孙承宗功劳高，想拉拢他，叫刘应坤等人表明自己的意图。孙承宗不跟他说一句话，魏忠贤因此极恨他。正好魏忠贤驱逐杨涟、赵南星、高攀龙等人，孙承宗刚巡视蓟镇、昌平，想到上疏皇帝未必亲自过目，过去在讲席时，每次当面上奏都有效果，孙承宗于是请求以祝贺皇帝寿辰为由，进入朝廷当面向皇帝报告机务事宜，想利用这个机会陈述魏忠贤的罪行。魏广微听到这消息，飞快报告魏忠贤：“孙承宗拥兵数万人将要清除皇帝身边的人。兵部侍郎李邦华作为内应，您立刻就有粉身碎骨的危险了。”魏忠贤非常害怕，围绕着皇帝的床哭，皇帝被感动了，命令内阁草拟圣旨，次辅顾秉谦举笔写道：“没有皇帝的圣旨离开驻防之地，不是祖宗的法令，违抗的人绝不宽恕。”连夜打开禁宫大门召见兵部尚书，下三道命令派快骑兵制止他。又假传圣旨告示防守九门的宦官，孙承宗如果到齐化门，将他捆绑送入。孙承宗到达通州，听到命令就返回了。魏忠贤派人侦察，发现车子中放着一床用包裹包着的被子，后面只有鹿继善一辆车子而已，这才稍微减少了怀疑。而魏忠贤的党徒李蕃、崔呈秀、徐大化接连上疏诋毁孙承宗，竟把他比作王敦、李怀光。孙承宗于是闭门谢客，请求辞职。
天启五年(1625)四月，给事中郭兴治请求朝廷讨论孙承宗的去留，议论冒领军饷的又接踵而至，于是交给朝臣讨论。吏部尚书崔景荣坚持留用他，于是下诏挽留勉励，而以精简将官、淘汰士兵、清理粮饷三件事责令孙承宗的汇报，孙承宗正在派遣各将分别驻守锦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地区，开拓土地又有二百里，罢免大将王世钦、尤世禄，副将李秉诚、孙谏，裁军一万七千多人，节省开支六十八万两。而言官仍在不停地议论马世龙。到了九月，才有柳河战役的失败，死亡四百多人，详情参见马世龙传。于是台省弹劾马世龙，并提到孙承宗。送上的有数十道奏疏。孙承宗请求辞职更加坚决，十月才得到批准。先前已多次加封为左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士，于是又特别加封光禄大夫，荫庇他的儿子为中书舍人，赐给他蟒服、银币，在行人的保护下回家。而用兵部尚书高第代替他做经略。不久，喻安性也被罢免，于是废除巡抚不再设立。
当初，高第极力压制孙承宗，请求撤除关外兵来防守关内。孙承宗反驳他，高第很不满意。第二年，宁远被包围，于是上疏说山海关关门只有五万士兵，谈论这事的人更加以为是孙承宗的罪过。孙承宗向户部报告说：“高第刚到山海关时，曾发给十一万七千人的粮饷，现在只发给五万人粮饷就足够了。”高第果真因为说话荒谬而被定罪。后来魏忠贤派他的党羽梁梦环巡视山海关，想罗织孙承宗的罪名，没有得到什么就停止了。孙承宗在山海关四年，前后修复九座大城、四十五个城堡、练兵十一万，建立战车营十一个、水兵营五个、大炮营二个、前锋后劲营八个，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、卤盾等器械一共有数百万之多，开拓土地四百里，开辟屯田五千顷，每年收入十五万两银子。后追叙宁远战役的功绩，荫封儿子锦衣世袭千户。
庄烈帝即位，王在晋进入朝廷担任兵部尚书，对孙承宗痛恨不已，坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢机构，败坏了边关事，又唆使谏官等交口诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。崇祯二年(1629)十月，大清兵进入大安口，攻取遵化，将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵部尚书防守通州，仍旧进入朝廷朝见皇帝。孙承宗到任，皇帝在平台召见他。慰劳完毕后，皇帝问他方法谋略。孙承宗报告说：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是很正确的。又听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，似乎不大好。”皇帝问道：“爱卿想防守三河，是什么意图？”孙承宗回答说：“守住三河可以阻止敌人向西逃跑，遏止敌人南下。”皇帝认为很好，说：“你打算怎样为朕保卫京师？”孙承宗说：“当此危难之际，守城的人苦于饥饿和寒冷，不是万全之策，请求皇上整顿守城器械，加倍犒劳士兵，以安定人心。”他所出的计谋都很合皇帝的心意。皇帝说：“爱卿不必前往通州，就为朕总督京城内外的军事事务，仍旧参与军事策划。”催促首辅韩火广草拟诏书下发给有关部门铸造边防器具。孙承宗出来时，记时的漏刻已经二十下了，立即检阅环卫都城部队，五更时才结束，又出都城检阅外城。第二天半夜，忽然传旨孙承宗防守通州。这时战争的烽火已传遍京师近郊，孙承宗率二十七名骑兵从东便门出发，中途逃亡了三人，快马加鞭直抵通州，守城门的人几乎不让他们进城。进城之后，跟保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋一起登上城墙加强防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游击尤岱率步骑三千人前往增援。片刻之后又派副将刘国柱统帅二千士兵与尤岱汇合，而派遣密云兵三千人驻守东直门，保定兵五千人驻守广宁门。这期间派遣将领收复马兰、三屯二座城邑。
到十二月四日，就发生了祖大寿的兵变，祖大寿是辽东的前锋总兵官，跟袁崇焕一起进入卫所。看到袁崇焕下狱，害怕受到惩罚，于是跟副将何可纲等人率领所属的一万五千人向东逃散，远近的人都受到很大的震动。孙承宗听说，急忙派遣都司贾登科携带秘书的亲笔信去劝慰祖大寿，而命令游击石柱国飞马前往安抚各军。祖大寿看见贾登科，说：“我部士兵赶往前线支援，接连打胜仗，希望得到丰厚的奖赏。城上的人都骂我们是强盗，投掷石块打死了几个人。派遣出去巡逻的士兵，被指责是间谍而把他们杀死了。立下了功劳却被当作罪过，所以要逃跑回来。我部应当直捣朵颜，然后回来负荆请罪，等候处罚。”石柱国追上各路部队，将士们手持弓箭、大刀对着他，都流着眼泪说：“督师已被杀死，又将用大炮轰击我军，所以到了这里。”石柱国还往前追，祖大寿已经很远，于是返回。孙承宗报告说：“祖大寿的处境已经非常危险，他又不肯接受满桂的指挥，于是造谣激发众人东逃，并不是他的部下都想叛乱。应当免除杀戮，想方设法安抚人心。辽东将领很多是马世龙的老部下，臣小心地见机行事，派遣马世龙快马前往通告，他的将士一定自动归顺，祖大寿不值得担心。”皇帝高兴地听从了。孙承宗写密信告诉祖大寿应立即上奏章陈述错误，并且率领部队立功赎罪，而自己理当代他向皇帝表白。祖大寿同意了，一条一条地陈述东逃的原因，全都如同将士们所说的，皇帝很宽厚地答复了他。命令孙承宗迁到关门驻守。各将听到孙承宗、马世龙来了，很多人都自动前来归附，祖大寿的妻子左氏也用大道理谴责她的丈夫。祖大寿集合士兵等候命令。
当逃散的士兵出关时，关城遭到抢劫掠夺，关门罢市，人心惶惶。孙承宗到达后，人心才安定下来。关城原有十六里，卫城只有二里。现在敌人在关城内，关城不能够防守，卫城与关城相连，可以步行上去。于是另外修筑城墙，挡在关城之间，在城墙上开挖洞口使大炮能够平伸出去。城内的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原来淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千余人，无所事事就想惹是生非，都由官府供给粮食，让他们巡察街道，看守炮台，保护仓库，都有事情可做。里面的不能出去，外来人往往被巡逻的骑兵抓获，因此关门能够得以保全。于是派遣马世龙率步骑兵一万五千入关增援，命令游击祖可法等率骑兵四营往西驻守抚宁。崇祯三年(1630)正月，祖大寿入关拜见孙承宗，孙承宗亲率五百人穿着铠甲在大门迎接。孙承宗以诚相待，当天在教场上排列步骑兵三万人，举行誓师的礼仪，大家的疑虑一下子都消解了。
这时我大清兵已攻占了遵化，并派兵驻守它。这月四日攻占永平，八日攻占迁安，于是攻取滦州。分兵攻击抚宁，祖可法等人坚守，没有攻下。大清兵于是向山海关进军，离关三十里安营扎寨。副将官惟贤等人极力请求作战。于是回过头攻击抚宁和昌黎，都没有攻下。正在这时，通往京师的道路受阻，孙承宗、祖大寿的军队在东边，马世龙及四方援军在西边。孙承宗召募不怕死的人沿海抵达京师，才知道山海关城还在手中。山海关西南有三县，即抚宁、昌黎、乐亭；西北有三城：即石门、台头、燕河。这六座城池东边保护关门，西边环绕永平，都是近山海关的军事要地。孙承宗告诫各城严加防守，又派遣将领驻守开平，收复建昌，声援部队始相连接。
京师正在戒严，全国各地保卫京师的部队先后到来的有二十万。都驻扎在蓟门及京师周围，没有人首先前进。下诏降旨多次督察催促，各将也时有攻击，但没有人能打败敌人收复失地。马世龙请求先收复遵化，孙承宗说：“不行，遵化在北面，容易攻取而难于防守，不如暂且让敌人占领，分散敌人的兵力，我军应先进攻滦州。现在应当多造出声势，暗示将要攻击遵化的形势来牵制敌人，各军开赴丰润、开平，联络山海关的部队攻击滦州。占领了滦州就用开平部队防守，而用骑兵决战以攻占永平。占领了滦州、永平之后，山海关与永平就连成一体，再攻取遵化就容易多了。”方案确定后，于是命令东西各兵营一同前进，孙承宗亲自到抚宁督战。五月十日，祖大寿及张春、丘禾嘉各军先抵滦州城下，马世龙及龙世禄、吴自勉、杨麒、王承恩随后到达，过了二天攻克了滦州。而副将王维城等人也进入迁安。我大清防守永平的部队，全部撤出回到北边，孙承宗于是进入永平。十六日，各将谢尚政等人也进入遵化。四座城市都收复了。皇帝为此在郊庙里告谢，并大加赏赐，加封孙承宗为太傅，赐给蟒服、白金，世代继承锦衣卫指挥佥事。孙承宗极力推辞不接受太傅的封号，并多次上疏称病乞求退休，皇上下诏安慰他。不同意他的请求。
朵颜束不的反叛，孙承宗命令大将王威打败了他，又赏赐给他银币。早先因为册立东宫太子，加封为太保。等到神宗实录完成，也加官如上述。孙承宗推辞不受，并不停地乞求退休。皇帝命令阁臣讨论他的去留，没有结论。特地派遣中书携带亲笔诏去慰问，于是到任管事。崇祯四年(1631)正月出关东巡，抵达松山、锦州，回到山海关，又西巡，全部检阅了三协十二路然后返回。逐条上书陈述东西边防事务八件事，皇帝都采纳了。五月因为考核期满，下诏加封太傅兼领尚书的俸禄，荫封尚宝司丞，赐给蟒服、银币、羊酒，孙承宗再次推辞不接受太傅。
当初，右屯、大凌河二城池，孙承宗已派兵驻守，后来高第来代替他，都撤走了部队，二城池于是被平毁。到这时，丘禾嘉巡抚辽东，建议收复广宁、义州、右屯三城。孙承宗说广宁路途遥远，应当先占据右屯，在大凌河筑城，逐渐向前推进。兵部尚书梁廷栋支持他，于是在七月动工。工程刚完成，我大清兵大部队到来，将城重重包围。孙承宗听到后，快马赶到锦州，派遣吴襄、宋伟前往救援。丘禾嘉多次改动出兵的日期，宋伟跟吴襄的关系又不和睦，于是在长山被打得大败。到了十月，城中粮食吃完了而援军又毫无希望，守将祖大寿力量用尽出城投降，城池又一次被平毁。廷臣追究修筑城池不是好计谋，纷纷上疏议论丘禾嘉和孙承宗。孙承宗又接连上疏称病。十一月皇帝批准他的请求，赐给他银币乘驿车回家，议论他的人追论他丧师辱国，剥夺他的官职在家闲居，并且剥夺他在宁远时世代的荫封。孙承宗又上书陈述边防计策的十六件事，而极力说丘禾嘉军事谋略自相矛盾的过失。皇帝知道而已。在家居住七年，朝廷内外多次请求征召任用他，没有批复。
崇祯十一年(1638)，我大清兵深入内地。在十一月九日进攻高阳，孙承宗率领家族人抵抗。大清兵将要离开，围绕着城墙大声叫喊了三次，守城的人也回答了三次。说：“这是守城的人在嘲笑，按照法令应当攻破它。”又一次包围了高阳城。第二天攻陷，孙承宗被捉。望着朝廷叩头后，上吊自杀，终年七十六岁。
他的儿子举人孙翶，尚宝丞孙钥，官生孙铈，生员孙钅含、孙镐，侄子谏，以及孙子孙之沆、孙之滂、孙之氵景、孙之洁、孙之氵宪，侄孙孙之澈、孙之氵美、孙之泳、孙之泽、孙之涣、孙之瀚，全都战死了。督师宦官高起潜报告了这事。皇帝叹息再三并追悼他，命令有关部门从优照顾。掌权的杨嗣昌、薛国观等人暗中压制，只是恢复了他的原官职，给予祭奠下葬而已，福王时，才追赠为太师，谥号文忠。